Bone da comienzo cuando tres primos (Fone Bone –fan irredento de Moby Dick y con un valor inversamente proporcional a su estatura–, Phoney Bone –su avaricia es la causa de muchos de los problemas de los tres primos– y Smiley Bone – empeñado en ver siempre el lado positivo de las cosas–), expulsados de Boneville, se pierden en un enorme y desconocido desierto. Cada uno por su lado consigue llegar a un profundo valle boscoso poblado por maravillosas y aterradoras criaturas.